Sortie en septembre 2003, la Prius II optait pour une carrosserie cinq portes à hayon arrière, au lieu de la berline quatre portes tricorps de sa devancière.

L’empattement, la longueur et la largeur hors tout s'allongeaient respectivement de 150 mm, 135 mm et 30 mm, au bénéfice de l’espace intérieur. De profil, la silhouette devenait triangulaire, le sommet du toit placé juste au-dessus du conducteur. La ligne de toit restait relativement haute à l’arrière et une fenêtre s’incrustait dans le hayon pour améliorer la visibilité. Le coefficient de pénétration dans l’air était extrêmement bas : 0,26.

Le Toyota Hybrid System (THS) qui équipait la première Prius passait à la version THS II, tandis que le moteur thermique (1NZ-FXE) montait en régime et le moteur électrique (3CM) voyait sa puissance augmenter de 50 % à 50 kW. La consommation d’essence tombait à 35,5 km/l (selon le cycle d'essais japonais 10-15), soit 2,8 l/100 km, l’une des plus basses au monde.

La Prius Inaugurait aussi en première mondiale des dispositifs tels que l’Aide intelligente au stationnement IPA (Intelligent Parking Assist), qui permettait des créneaux semi-automatisés, le contrôle de stabilité du véhicule avec assistance directionnelle VSC+ (Vehicle Stability Control), qui unifiait le contrôle de l’antipatinage et de la direction, ainsi qu’une climatisation automatique pilotée par inverseur électrique, qui continuait de fonctionner pendant les phases de coupure du moteur thermique au ralenti.